史密斯菲尔德瘟疫坑，在1348年和1349年用于集体埋葬。图片来源：伦敦考古博物馆（MOLA）
东史密斯菲尔德瘟疫坑，在1348年和1349年用于集体埋葬。图片来源：伦敦考古博物馆（MOLA）
据美国物理学家组织网（麦克马斯特大学）：为了更好地了解腺鼠疫的起源和运动，在古代和当代，麦克马斯特大学，悉尼大学和墨尔本大学的研究人员完成了对数百个现代和古代基因组序列的艰苦粒度检查，创建了同类分析中规模最大的分析。
尽管DNA技术和分析取得了巨大进步，但众所周知，瘟疫的起源，进化和传播仍然难以确定。
瘟疫是人类历史上最大规模和最致命的两种流行病的罪魁祸首。然而，这些的潮起潮落，为什么有些消亡而另一些持续多年，让科学家们感到困惑。
在今天发表在《通信生物学》杂志上的一篇论文中，麦克马斯特研究人员使用全面的数据和分析来绘制他们所能绘制的关于鼠疫杆菌高度复杂的历史，鼠疫杆菌是引起鼠疫的细菌。
该研究分析了来自世界各地的600多个基因组序列，涵盖了5000年前瘟疫首次出现在人类中，查士丁尼瘟疫，中世纪黑死病和当前（或第三次）大流行，始于20世纪初。
“瘟疫是人类历史上最大的流行病和最大的死亡事件。它何时出现，从什么宿主那里可以揭示它来自哪里，为什么它数百年来不断喷发，在某些地方消失，但在其他地方持续存在。最终，为什么它杀死了这么多人，“麦克马斯特古代DNA中心主任进化遗传学家Hendrik Poinar解释说。
Poinar是Michael G. DeGroote传染病研究所和麦克马斯特全球流行病和生物威胁关系的首席研究员。
研究小组研究了全球分布和不同年龄的菌株的基因组，并确定鼠疫杆菌具有不稳定的分子钟。这使得测量突变随时间在其基因组中积累的速度变得特别困难，然后用于计算出现日期。
由于鼠疫杆菌的进化速度非常缓慢，因此几乎不可能确定其起源的确切位置。
人类和啮齿动物通过旅行和贸易将病原体携带到全球，使其传播速度比其基因组进化速度更快。例如，在俄罗斯、西班牙、英国、意大利和土耳其发现的基因组序列尽管相隔多年，但它们都是相同的，这给确定传播途径带来了巨大的挑战。
为了解决这个问题，研究人员开发了一种区分鼠疫杆菌特定种群的新方法，使他们能够识别和确定历史上的五个种群，包括他们现在估计最著名的古代大流行谱系，这些谱系在欧洲历史上记录大流行之前几十年甚至几个世纪就出现了。
“你不能认为瘟疫只是一种细菌，”Poinar解释说。“背景非常重要，我们的数据和分析表明了这一点。
为了正确重建我们过去、现在和未来的流行病，历史、生态、环境、社会和文化背景同样重要。
他解释说，仅靠遗传证据不足以重建短期鼠疫大流行的时间和传播，这对未来与过去大流行相关的研究以及COVID-19等持续爆发的进展具有影响。
